【疯狂7月】⑨—免费在线小工具-突变分析系列：瀑布图 | 云平台

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前言

之前我们分别介绍了突变分析的3个小工具：

它们主要是对突变信息的汇总，汇总过后，总要进一步挖掘数据，这一节我们就来介绍突变分析中非常经典的瀑布图。

输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列：突变注释信息汇总。

图片意义解读

瀑布图之所以看起来像瀑布，和它的计算规则有关：

1. 找出所有样本中突变个数最多的基因，倒序排列（右侧柱状图）；

2. 将包含这个基因突变的样本集中排列（上侧柱状图），且根据样本中包含的突变个数进行倒序排列；

3. 以此类推，在之后追加样本排列。

下方的百分比柱状图用于呈现样本中碱基突变情况的占比。

参数说明

基因筛选方式：默认按top基因进行筛选，但有时突变个数过少的基因也可能出现在top基因中，意义并不大，此时我们可以选择减少top个数，或者直接按照突变个数进行筛选。

按top基因

按突变个数

基因文本调整：若基因名太长文本会出界，此时可以调整文本宽度预留更多空间写文本，或者减小字号。

绘制行/列柱状图：决定是否呈现行列柱状图。

列柱状图：对Y轴做log处理：对Y轴进行log处理，若数据差距较大，建议选择。

绘制核苷酸TiTv图：决定是否显示这幅图。

样本Barcodes：显示与否以及文本调整。

显示的top基因的个数：控制第6幅图所显示的基因个数。

图例、标题和字号调整

拓展分析

处理瀑布图，突变分析还有很多其他工具，分析完成后，会自动跳出侧边栏，点击可直接进行下游分析，无需重新上传文件：

如我们点击一个【氨基酸棒棒糖图】分析，在弹框中点击跳转：

跳转后会提示文件传送成功，背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果（而不是示例数据啦）

更方便的是，在此分析完成后，您可以继续跳转完成其他拓展分析：

其他拓展分析我们会继续发文进行介绍，欢迎关注本公众号获取更多信息：

云工具

地址：https://www.omicstudio.cn/tool/73

参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html

参考文献

Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.

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